여행사와 여행사 간에도 같은 문제가 발생한다. 소매여행사가 항공권을 판매하면 도매여행사가 판매수수료를 지급하는 경우 당연히 세금계산서를 수수해야 한다. 이러한 거래도 도매여행사가 장려금을 준다면 과세대상이므로 장려금에 대해서도 세금계산서를 주고받아야 한다.

도매여행사가 판매수수료를 주지 않고 거래하는 경우는 다르다. 이 경우 소매여행사는 도매여행사로부터 항공권을 받아 소비자로부터 다시 서비스요금을 더해 판매하는 거래이다. 도매여행사의 수입은 소매여행사로부터 받는 금액에서 항공사에 지급하는 금액을 뺀 금액이고 소매여행사는 소비자로부터 받는 서비스 요금이 매출이 될 것이다.

소매여행사가 전자결제대행서비스가 없어 도매여행사를 통해 결제하는 경우가 있다. 실질과세 원칙상 이러한 거래로 발생하는 서비스요금은 소매여행사의 매출이지만 시스템상 도매여행사의 매출로 봐 도매여행사와 세금계산서를 주고받기 때문에 도매여행사의 매출이 된다. 그리고 이렇게 수수한 서비스 요금을 소매여행사에 지급하면 도매여행사가 판매수수료를 지급하는 형태가 되고, 동 금액은 소매여행사의 매출이 된다. 만일 이러한 거래를 법률상으로나 세무상으로 과세관청에서 인정한다면(현재는 상 관행으로 이렇게 거래가 이루어지고 있다.) 도매여행사가 정기적으로 또는 부정기적으로 지급하는 장려금은 모두 소매여행사에 지급하는 판매수수료이므로 세금계산서를 주고받아야 한다. 물론 이러한 거래가 잘못됐다고 과세관청이 판단한다면 시스템을 변경해야 하고 장려금은 과세되지 않을 수도 있다. 또한 도매여행사가 판매경진대회 등 판매촉진의 정책으로 소매여행사의 직원에게 포상금을 주는 경우 원칙적으로 소매여행사의 부가가치세 과세대상인 장려금에 해당할 것으로 생각한다. 물론 이 경우에도 법률상 사실상 소매여행사의 수입이므로 소매여행사에 지급하는 것이 원칙이다. 그러나 소매여행사가 아닌 해당 직원에게 지급하는 경우 개인소득에 해당하므로 원천징수를 해야 할 의무가 있고, 실질적으로 여행사 매출로 보기 때문에 매출이 누락된 것으로 판단해 소매여행사에 부가가치세와 법인세를 부과할 위험이 도사린다.